Wieś została założona między 1682 a 1690 rokiem przez kamedułów, w celu osadzenia w niej rzemieślników potrzebnych do budowy kościoła i klasztoru. Pierwotnie zwała się Magdalenów. Nazwę swą wzięła od zbudowanego tu przez zakonników kościoła parafialnego. Niestety dziś już nie istniejącego. W 1880 r. wieś liczyła 26 domów i aż 215 mieszkańców - gdy obecnie 8 gospodarstw i kilka domów letniskowych.

 Tuż obok wsi, na wzgórzu znajduje się jeden z najładniej usytuowanych na Suwalszczyźnie cmentarzy - z widokiem na jezioro i klasztor. Cmentarz został założony w XVIII wieku.Magdalenowo jest jakby przedsionkiem wsi Wigry i klasztoru. Ze swą drewnianą nadjeziorną zabudową przypomina czasy, które dawno już minęły. Na gruntach Magadalenowa i pobliskich Burdyniszek, na przesmyku między jeziorami Wigry i Dowcień, odkryto zespół stanowisk pradziejowych i wczesnośredniowiecznych. Natrafiono na pozostałości obozowisk kultur późnego paleolitu i mezolitu, a także relikty neolitycznej kultury amfor kulistych i na ślady osadnictwa z późniejszych epok.

Większość Suwalczan uważa, że jest to najbardziej atrakcyjna strona jeziora Wigry. Teren mało zalesiony, łatwo dostępny widok na jezioro, mało zurbanizowana część jeziora. Szutrowe drogi i brak bagien sprzyja zwiedzaniu.